Испанское правление на Санто-Доминго было подтверждено Парижским договором 1814. Санто-Доминго, воодушевленный борьбой за свободу в остальной части Испанской Америки, восстал и 30 ноября 1821 провозгласил независимость. Будучи слишком слабой, чтобы выстоять в одиночестве, новая республика предложила Гаити подписать договор о дружбе. В ответ на это предложение президент Жан Пьер Буайе послал свою армию; Санто-Доминго капитулировал 9 февраля 1822, и следующие 22 года страна находилась под властью гаитян. Буайе отменил рабство, но почти ничего этим не добился. В конце концов доминиканские патриоты под руководством Хуана Пабло Дуарте, Рамона Мельи и Франсиско Санчеса дель Росарио восстали против Гаити, и 27 февраля 1844 была провозглашена Доминиканская Республика. В ноябре 1844 была обнародована конституция, в основу которой была положена конституция США, а генерал Педро Сантана был избран президентом. В течение последующих 30 лет Сантана и Буэнавентура Баэс сменялись у власти, управляя страной либо на президентском посту, либо через марионеточных президентов. Конфликт между ними обострил раскол в обществе.

Чтобы сохранить за собой пост президента, Сантана 18 марта 1861 заключил договор о присоединении к Испании. 16 августа 1863 вспыхнуло восстание, которое продолжалось до 1 мая 1865, когда испанские войска покинули остров, и в третий раз в своей истории страна объявила о своей независимости.